Recent Advances in Fast Finite Element Algorithms for Electrostatic of Biomolecules
发布人: 曹思圆   发布时间: 2018-06-14   浏览次数: 20

报告人:谢德宣教授(威斯康星大学密尔沃基分校(UWM))
时间:2018年6月20日上午10点-11点
地点:数学科学学院102室
主持人:陈果良 教授


摘要:Calculation of electrostatic salvation free energy for a protein (or other biomolecules) in an ionic solvent is a fundamental task in structural biology, biochemistry, biophysics, and bioengineering. The Poisson-Boltzmann equation (PBE) is one commonly used dielectric continuum model for such a task.  It has been applied to protein study, rational drug design, and many other bioengineering applications. To reflect polarization correlation among water molecules and ionic size effects, we recently developed new variants of PBE, called  the size modified PBE (SMPBE),  nonlocal modified PBE (NMPBE), and nonlocal Poisson-Fermi (NPF) models, along with their fast finite element algorithms and software packages.

报告人简介:谢德宣是威斯康星大学密尔沃基分校(UWM)数学系教授。他1995年在休斯敦大学获得博士学位,作为霍华德休斯医学院博士后研究员,他在纽约大学Courant数学科学研究所工作了三年。他于2005年晋升为UWM任职的副教授,并从2010年起成为教授。他的研究兴趣涉及数值分析,数学生物学,计算生物化学和高性能科学计算。他的研究获得了来自美国国家科学基金会的超过150万美元的三项重点项目。他的许多出版物都出现在世界领先的学术期刊上,包括SIAM科学计算期刊,计算物理期刊,数学规划,SIAM优化期刊,物理评论期刊E,计算化学期刊,非线性分析:实际应用,和应用数学建模。它们涉及有限元,有限差分,多重网格,区域分解,迭代Krylov和求解线性和非线性偏微分方程的并行方法,离子溶剂中蛋白质的非局部静电连续模型,用于生物分子势能最小化和化学数据库分析的数值优化方法,分子力学和分子动力学,血液组织转运和代谢模型以及离子通道研究。